紫背天葵高通量转录组测序分析

编号 zgly0001528229

文献类型 期刊论文

文献题名 紫背天葵高通量转录组测序分析

作者 张少平  洪建基  邱珊莲  郑云云  张帅  吴松海  何炎森  郑开斌  郑加协 

作者单位 福建省农业科学院亚热带农业研究所  福建省农业科学院作物研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2016年05期

年份 2016 

分类号 S567.239 

关键词 紫背天葵  转录组  测序  基因分析  功能注释 

文摘内容 为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点。对所得Unigene进行不同数据库注释,22 048和14 417个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关。