钢鹅mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

编号 zgly0001649936

文献类型 期刊论文

文献题名 钢鹅mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

作者 吴启超  谢艾轩  刘贺贺  李亮  宋浪  许恒勇  白丽丽 

作者单位 四川农业大学动物科技学院  西昌华农禽业有限公司 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2018年11期

年份 2018 

分类号 S835 

关键词 钢鹅  mtDNA  遗传进化  生物信息学分析 

文摘内容 【目的】探究钢鹅的遗传多样性和系统进化的关系。【方法】参照NCBI上近缘物种线粒体基因组序列设计18对引物,运用DNA克隆和测序技术获得钢鹅mtDNA基因组序列,对其进行生物信息学分析。【结果】钢鹅mtDNA基因组序列总长16 739bp,其中含有22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区域(D-loop区),基因组成及排列顺序与其他鸟类类似,A、T、C和G碱基含量分别为30.18%,22.54%,32.18%和15.10%。tRNAScan-SE Search Server在线软件分析表明,tRNA均是4个恒定臂的三叶草二级结构。对钢鹅mtDNA D-loop区序列的分析发现,其中含有LSP/HSP、ETAS1-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、CSB1-box及CSB-like保守框。用MEGA 6.0采用最大似然法基于D-loop区和线粒体全序列构建进化树,遗传进化分析表明,钢鹅与鸿雁、灰雁的亲缘关系最近。【结论】获得了钢鹅mtDNA全序列,进一步明确了其生物学信息。