基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发

编号 zgly0001548942

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发

作者 黄耀辉  张超  周莉花  赵宏波 

作者单位 浙江农林大学风景园林与建筑学院 

母体文献 浙江农林大学学报 

年卷期 2017年04期

年份 2017 

分类号 S685.99 

关键词 植物学  夏蜡梅  ESR-SSR  引物筛选  扩增体系  正交实验 

文摘内容 夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR（EST-SSRs）引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列（SSRs）,平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是（AG/CT）n。利用L16（45）正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应（SSR-PCR）体系:20.0μL含Taq酶0.6 U（1 U=16.67 nkat）,镁离子（Mg2+）1.50 mmol·L-1,三磷酸碱基脱氧核苷酸（d NTP）0.25 mmol·L-1,引物0.20μmol·L-1,DNA 75 ng。针对所有EST-SSRs共设计出15 585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应（PCR）扩增,其中120对（54.55%）成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态。这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记。