辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析

编号 zgly0001420082

文献类型 期刊论文

文献题名 辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析

作者 刘峰  王运生  田雪亮  茆振川  邹学校  谢丙炎 

作者单位 湖南省农业科学院蔬菜研究所  中国农业科学院蔬菜花卉研究所  湖南农业大学生物安全科学技术学院  河南科技学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2012年01期

年份 2012 

分类号 S641.3 

关键词 辣椒  转录组  EST-SSR 

文摘内容 利用SSR检索程序从两个辣椒转录组共221037条unigenes(97.3Mb)中筛选得到17319个SSR位点(7.83%),其发生频率为1/56kb。其中以单核苷重复基序为主导类型,占总SSR的56.30%;其次是二、三核苷酸重复基序,其出现频率分别为19.16%和23.18%。对所有含SSR位点EST序列设计的10468对引物进行E-PCR多态性检测,获得1538对E-PCR多态性引物。随机选取20对引物进行验证,其中7对(36.84%)在10个不同类型辣椒材料中表现出多态性,PIC值范围为0.33～0.89,平均为0.67,将10个辣椒材料分为3类。这些潜在的多态性EST-SSR的开发为辣椒遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。