基于转录组测序的槜李EST-SSR标记开发

编号 zgly0001693903

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组测序的槜李EST-SSR标记开发

作者 李军  李白  李斌  陆其华 

作者单位 嘉兴职业技术学院  浙江省嘉兴市农业科学研究院(所)  嘉兴市种植技术推广总站  嘉兴市李子园艺科学研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 S662.3 

关键词 槜李(Prunussalicina)  转录组  EST-SSR 

文摘内容 为开发槜李EST-SSR标记,本研究利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35 584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer Premier 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结果发现,在槜李花转录组中共搜索到个10 791个SSR位点,分布于8 433条Unigenes,SSR发生频率为23.70%,平均每3.71 kb含有1个SSR;SSR重复基元中二核苷酸重复出现频率最高,占总SSR数量的52.98%,其次为三核苷酸重复(占24.00%)和单核苷酸重复(占20.95%);二核苷酸重复基元以AG/CT为主(85.95%),三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主(31.24%)。利用Primer Premier 3.0软件共设计出9 870对候选引物,随机选择40对引物对12个李品种进行SSR引物筛选及多态性分析。40对引物均能扩增出预期大小的条带,有效扩增效率为100%,40对引物中有5对引物在12个李品种中表现出多态性。本研究开发的EST-SSR标记可为李属植物遗传多样性分析提供丰富的候选标记,同时可为槜李发育相关功能基因定位、遗传图谱构建、及分子标记辅助育种等研究提供帮助。