花生异型雄蕊转录组分析

编号 zgly0001721200

文献类型 期刊论文

文献题名 花生异型雄蕊转录组分析

作者 王海霞  王铭伦  丁雨龙 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心  南京林业大学生物与环境学院  青岛农业大学  南京林业大学竹类研究所 

母体文献 植物资源与环境学报 

年卷期 2020年05期

年份 2020 

分类号 S565.2 

关键词 花生  异型雄蕊  转录组  同源性  功能注释 

文摘内容 以花生（Arachis hypogaea Linn.）品种‘Florunner’为研究对象,利用RNA-seq技术对花生异型雄蕊进行转录组测序;在此基础上,运用Nr、KOG、GO和KEGG数据库进行同源序列比对和基因功能分析。结果显示:花生异型雄蕊转录组测序共获得数据量约31.46 G,其中,clean reads所占比例均在96.0%以上;经过组装和拼接后得到197 193个contigs,片段总长度240 463 900 bp,最长片段为15 810 bp,非冗余unigenes片段的平均长度为1 219 bp,GC含量为39.1%,片段长度N50为1 966 bp;长度大于等于1 000 bp的unigenes占unigenes总数的43.4%,表明组装完整性较高,可用于注释分析。与Nr数据库的比对结果显示:共有129 223个unigenes注释到Nr数据库,占unigenes总数的65.5%;其中,1×10-100