云南切梢小蠹微卫星的高通量发掘

编号 zgly0000857903

文献类型 期刊论文

文献题名 云南切梢小蠹微卫星的高通量发掘

作者 袁远  张丽芳  吴国星  朱家颖 

作者单位 云南农业大学植物保护学院  西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2014(2)

页码 166-170

年份 2014 

关键词 云南切梢小蠹  微卫星  重复单元  重复类型 

文摘内容 基于构建获得的云南切梢小蠹转录组数据库,利用MISA(MicroSatellite)软件对其微卫星进行了高通量发掘。在32595681 bp的转录组序列中,共发掘获得1098个微卫星序列。在这些微卫星序列中,单核苷酸和三核苷酸微卫星重复单元最为丰富,分别为420和482个;六核苷酸的微卫星重复单元的丰度最小,仅有3个。就重复序列而言,以A/T单碱基重复序列最多,有367个;其次是AAT/ATT和ATC/ATG三碱基序列,有83个;最少的是CG/CG二碱基序列,有2个。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行云南切梢小蠹种群遗传结构、种群遗传多样性、功能基因组学等研究奠定了基础。