油茶基因组微卫星特征分析

编号 zgly0000787948

文献类型 期刊论文

文献题名 油茶基因组微卫星特征分析

学科分类 220.45;经济林学

作者 史洁  尹佟明  管宏伟  戴晓港  陈金慧  施季森 

作者单位 南京林业大学  林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 

母体文献 南京林业大学学报: 自然科学版 

年卷期 2012,36(2)

页码 47-51

年份 2012 

分类号 S722 

关键词 油茶  微卫星  重复单元  长度变异 

文摘内容 对油茶基因组约10%覆盖度的DNA序列进行微卫星查找,共获得11 344个重复单元长度为1～6碱基的微卫星。在此基础上,通过对这些微卫星序列分析发现: 在油茶基因组中长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占27.1%;在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T以及AT/TA、AG/TC。三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T。油茶基因组中变异程度高的微卫星(长度≥20 bp)约占11.7%。分析还发现,除单核苷酸重复微卫星外,油茶基因组微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关,即油茶基因组中长度较短的微卫星变异速率较快,而较长的重复单元变异速度较慢,相对较为稳定。