葡萄Actin基因家族的鉴定及进化和表达分析

编号 zgly0001579235

文献类型 期刊论文

文献题名 葡萄Actin基因家族的鉴定及进化和表达分析

作者 崔力文  郑婷  张克坤  张川  上官凌飞  房经贵 

作者单位 南京农业大学园艺学院 

母体文献 植物资源与环境学报 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S663.1 

关键词 葡萄  Actin基因家族  系统进化  基因表达 

文摘内容 采用生物信息学方法从葡萄(Vitis vinifera Linn.)全基因组中鉴定Actin基因家族,并对各基因的染色体定位和结构特征,编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构和系统进化,以及不同组织的基因表达进行研究。结果表明:葡萄Actin基因家族16个基因分布在12条染色体上。16个基因的结构特征及其编码蛋白质的理化性质差异较大。16个基因的长度及其内含子总长度的变化范围较大,编码序列(CDS)和外显子总长度的变化范围较小。除登录号GSVIVG01008254001和GSVIVG01014035001的基因外,其他14个基因的GC含量均低于其CDS的GC含量。除登录号GSVIVG01008254001的基因外,其他15个基因编码的蛋白质的理论相对分子质量为12 534.54~82 612.33,理论等电点为p I 4.92~p I 9.13。16个基因编码蛋白质的消光系数为14 105~73 645,脂肪族氨基酸指数为65.54~92.06,其中9个为稳定蛋白,7个为不稳定蛋白。除登录号GSVIVG01014035001的基因外,其他15个基因编码的蛋白质均为亲水性蛋白。登录号GSVIVG01016517001的基因编码的蛋白质定位于细胞质和细胞核,其他15个基因编码的蛋白质定位于细胞质。二级结构和三级结构显示:葡萄Actin基因家族16个基因编码的蛋白质均由α螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,且总体以无规则卷曲为主。系统进化分析和不同组织的基因表达分析结果显示:与拟南芥[Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.]相似,葡萄Actin基因家族16个基因编码的蛋白质分为3个亚家族,ClassⅡ亚家族(营养型)包括登录号GSVIVG01003099001和GSVIVG01026580001的基因编码的蛋白质,这2个基因在所有组织中的表达均较高;ClassⅢ亚家族(生殖型)包括登录号GSVIVG01033494001、GSVIVG01024980001和GSVIVG01016550001的基因编码的蛋白质,这3个基因在花粉、雄蕊和花中的表达均较高;ClassⅠ亚家族包括其他11个基因编码的蛋白质,这11个基因在各组织中的表达总体上较低。研究结果显示:葡萄Actin基因家族的表达具有组织特异性。