葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析

编号 zgly0001577015

文献类型 期刊论文

文献题名 葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析

作者 李傲  崔梦杰  陈珂  许瀛之  贾海峰  房经贵 

作者单位 南京农业大学园艺学院/江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2018年02期

年份 2018 

分类号 S663.1 

关键词 葡萄  SAUR基因家族  系统进化  功能预测  基因表达  定量PCR 

文摘内容 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示,多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担当生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能;根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。