番木瓜果实转录组数据组装及基因功能注释

编号 zgly0001652570

文献类型 期刊论文

文献题名 番木瓜果实转录组数据组装及基因功能注释

作者 蒋边  潘嘉琪  叶柳清  陆丽施  袁长春  刘锴栋 

作者单位 岭南师范学院生命科学与技术学院  湖南农业大学生物科学技术学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年21期

年份 2018 

分类号 S667.9 

关键词 番木瓜  转录本  转录组测序  功能注释 

文摘内容 为了获得番木瓜果实转录组数据及预测关键基因功能。本研究通过Illumina HiSeq TM 2500高通量测序技术平台对番木瓜果实中提取的总RNA进行测序,获得了平均值为36 770 860.67个原始reads。经过滤、从头组装和拼接获得了54 941条高质量Unigene,平均长度为921 bp,N50的值为1 770。对所得Unigene进行不同数据库注释,30 592个和24 467个Unigene分别在NR和Swiss-Prot数据库有同源比对信息,确定了番木瓜同源序列所属物种;在KOG数据库中共有29 974个Unigene被注释上25种功能,其中涵盖基因最多的是一般功能预测;114 207个Unigene被注释到生物学过程、细胞组分及分子功能的GO数据库三大类别的48个功能组,其中大量Unigene与细胞过程、代谢过程、细胞部分、细胞催化及结合相关;根据KEGG数据库,可将11 766个Unigene定位到130个代谢途径分支,其中大部分的基因都与氨基酸、碳水化合物、脂类以及核苷酸的代谢相关。本研究结果将为进一步开展番木瓜果实的相关代谢途径、激素信号传导途径以及生物活性物质的合成途径中关键基因的挖掘提供理论参考。