苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析

编号 zgly0001677674

文献类型 期刊论文

文献题名 苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析

作者 张富军  张振鲁  张蕊芬  王寻  由春香  郝玉金 

作者单位 山东农业大学园艺科学与工程学院·作物生物学国家重点实验室  青岛市农业科学研究院 

母体文献 果树学报 

年卷期 2019年08期

年份 2019 

分类号 S436.611.1 

关键词 火焰海棠  苹果锈果类病毒  序列分析  寄主特异性 

文摘内容 【目的】检测从山东青岛采集的有花脸症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有花脸症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现花脸症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的花脸症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333～334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有花脸症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的花脸症状形成可能与ASSVd侵染有关。