柞蚕核型多角体病毒内源性非编码小RNA成熟体MD5作用的宿主靶基因及功能预测

编号 zgly0001486664

文献类型 期刊论文

文献题名 柞蚕核型多角体病毒内源性非编码小RNA成熟体MD5作用的宿主靶基因及功能预测

作者 宋丽新  刘丹梅  李文利 

作者单位 大连理工大学生命科学与技术学院  辽东学院农学院  大连理工大学生命与医药学院辽 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2015年01期

年份 2015 

分类号 S884.51 

关键词 柞蚕核型多角体病毒  内源性非编码小RNA  生物信息学  靶基因  启动子 

文摘内容 研究病毒内源性非编码小RNA(VmiRNA)的靶标基因,有助于阐释病毒和宿主的互作关系及制定对病毒的防控策略。利用Solexa高通量测序技术及生物信息学方法,从柞蚕核型多角体病毒(Ap NPV)基因组中筛选出VmiRNA成熟体MD5,在预测其作用的宿主靶基因基础上,通过GO数据库分析靶基因的功能。结果显示由Ap NPV的VmiRNA MD5调控的宿主靶基因涉及细胞组成、分子功能、生物学过程等生物学途径,主要参与细胞内的分子结合、酶催化和免疫反应,其中与柞蚕免疫相关的靶基因共有4个。实时荧光定量PCR检测柞蚕蛹经Ap NPV诱导处理后VmiRNA MD5在脂肪体内明显上调表达(与对照相比提高了8倍),而与宿主免疫相关的3个靶基因的表达水平明显下调。对VmiRNA MD5 5’端上游启动子序列结构的分析显示,其含有免疫相关转录因子GMCSF、p53等的结合位点。推测VmiRNA MD5可能参与调控宿主柞蚕免疫相关基因的表达。