牡丹EST资源的SSR信息分析

编号 zgly0000693727

文献类型 期刊论文

文献题名 牡丹EST资源的SSR信息分析

学科分类 220.1070;森林植物学

作者 侯小改  王娟  郭大龙  刘改秀  马慧丽  王小燕 

作者单位 河南科技大学农学院  河南科技大学林学院 

母体文献 湖南农业大学学报: 自然科学版 

年卷期 2011,37(2)

页码 172-176

年份 2011 

分类号 S685.11 

关键词 牡丹  表达序列标签  简单重复序列  频率  特征 

文摘内容 首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。