菠萝EST资源的SSR信息分析与开发

编号 zgly0001569595

文献类型 期刊论文

文献题名 菠萝EST资源的SSR信息分析与开发

作者 陈俊浩  陆洋  倪燕婕  张智俊  钟雅萍  鲍晶晶  罗淑萍 

作者单位 浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地  新疆农业大学农学院 

母体文献 浙江农林大学学报 

年卷期 2017年02期

年份 2017 

分类号 S668.3 

关键词 分子生物学  菠萝  表达序列标签  简单重复序列 

文摘内容 表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核苷酸序列(3.46%)。AG/TC是二核苷酸中的优势单元。根据搜索出的EST序列,共设计出30对物,其中27对引物扩增产物具有多态性。本次实验中开发的EST-SSR标记是迄今为止有关于菠萝的第1次大规模SSR标记开发。研究结果为利用EST-SSR分子标记进行菠萝连锁图谱构建,数量基因定位,种质资源遗传多样性,亲缘关系研究和指纹图谱构建奠定了基础。