家蚕表皮蛋白基因的生物信息学分析

编号 zgly0001339139

文献类型 期刊论文

文献题名 家蚕表皮蛋白基因的生物信息学分析

作者 梁九波  刘碧朗  占智高  何宁佳 

作者单位 西南大学蚕学与系统生物学研究所农业部蚕桑学重点开放实验室 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2008年03期

年份 2008 

分类号 S881 

关键词 家蚕  表皮蛋白  基序  基因簇  生物信息学分析 

文摘内容 家蚕的表皮蛋白(cuticular protein)是家蚕重要的结构蛋白,与几丁质一同作为家蚕表皮的重要组成部分。运用生物信息学的方法对家蚕表皮蛋白进行了广泛分析。通过保守的基序检索家蚕基因组,得到163条候选的表皮蛋白序列,包括RR、Tweedle、CPF&CPFL等家族,并且发现具有确定的保守基序的表皮蛋白基因在染色体上都是以串联集群形式分布。氨基酸组成分析表明,这些表皮蛋白富含甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、组氨酸等。运用Sig-nalP server预测这部分蛋白质有85%都具有信号肽。进化分析显示,负选择是家蚕表皮蛋白基因进化的主要驱动力。采用TFSEARCH等在线服务软件分析发现,在70%含有RR基序的家蚕表皮蛋白基因的核心启动子区具有通用的TATAAA序列。