扬州蚕豆病毒病的鉴定及野豌豆潜隐病毒M扬州分离物基因组克隆及其序列分析

编号 zgly0001709905

文献类型 期刊论文

文献题名 扬州蚕豆病毒病的鉴定及野豌豆潜隐病毒M扬州分离物基因组克隆及其序列分析

作者 张坤  徐红梅  臧颖  庄新建  甘海峰  陈雯  贺振 

作者单位 扬州大学园艺与植物保护学院 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2020年03期

年份 2020 

分类号 S436.43 

关键词 蚕豆病毒  siRNA测序  核苷酸  序列分析 

文摘内容 对田间疑似病毒侵染的蚕豆样品,提取总RNA,分离siRNA,建库并通过高通量测序,其结果经velvet拼接组装,经Blastn与NCBI比对分析,发现该样品感染4种病毒:野豌豆潜隐病毒M (vicia cryptic virus M,VCV-M)、野豌豆潜隐病毒(vicia cryptic virus, VCV)、紫云英矮宿病毒(milk vetch dwarf virus, MDV)和三叶草黄脉病毒(clover yellow vein virus, ClYVV)。其中,有14条VCV-M相关的contigs。RT-PCR扩增并拼接获得VCV-M-YZ基因组,其长度为3 434 nt,其5′-UTR和3′-UTR分别为142 nt和117 nt,各自形成与该属代表病毒南方番茄病毒(southern tomato virus, STV) 5′-UTR和3′-UTR相似的高级结构,且A+U含量均较高。VCV-M-YZ与已报道的VCV-M基因组序列一致性在98%以上。系统进化分析表明,VCV-M-YZ与已报道的VCV-M属于一个种,无明显的地理分布差异。本研究结果丰富了VCV-M群体的基因组遗传信息,为VCV-M的监测及深入研究提供了基础。