植物CBF1转录因子的生物信息学分析

编号 zgly0000716239

文献类型 期刊论文

文献题名 植物CBF1转录因子的生物信息学分析

作者 蒋瑶  陈其兵 

作者单位 四川农业大学林学院 

母体文献 林业科学 

年卷期 2010,46(6)

页码 43-50

年份 2010 

分类号 S718.46 

关键词 CBF1  生物信息学  分子进化 

文摘内容 利用生物信息学手段,对GenBank中18种不同植物CBF1的氨基酸序列进行比对及系统发育树的构建,并对其氨基酸的组成、等电点、亲水/疏水性、蛋白质的二级结构和三级结构及功能域进行分析预测。结果表明: 18种不同植物CBF1的N端存在富含精氨酸和赖氨酸残基的核定位信号(NLS)、与DNA结合的AP2核心结构域以及C端的酸性氨基酸。构建CBF1进化树,并对其分子进化进行探讨。CBF1的氨基酸主要是脂肪族类,都含有非极性氨基酸Ala,其蛋白等电点多数为酸性,且为不稳定亲水性蛋白。α-螺旋和无规则卷曲是18种不同植物CBF1最大量的结构元件,而β-转角和延伸链则散布于整个蛋白质中。不同植物CBF1蛋白的亚细胞定位存在一定的差异。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。