葫芦科PAL基因家族生物信息学分析及甜瓜PAL4基因克隆

编号 zgly0001644856

文献类型 期刊论文

文献题名 葫芦科PAL基因家族生物信息学分析及甜瓜PAL4基因克隆

作者 孙宇蛟  陈欣  崔浩楠  吴川  刘识  栾非时  王学征 

作者单位 东北地区园艺作物生物学与种质创制农业部重点实验室  东北农业大学生命科学学院  东北农业大学园艺园林学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年15期

年份 2018 

分类号 Q943.2 

关键词 苯丙氨酸解氨酶  葫芦科  二代测序  生物信息学分析  基因克隆 

文摘内容 苯丙氨酸解氨酶是苯丙烷代谢途径的第一个酶,对植物发育、抗逆及信号传导起着尤为重要的作用。为了在葫芦科作物中更为深入地研究苯丙氨酸解氨酶的结构及理化性质、发掘更多潜在的苯丙氨酸解氨酶基因,本研究从拟南芥(Arabidopsis thaliana)4个苯丙氨酸解氨酶基因(At-PAL)入手,通过BLAST比对方法在葫芦科数据库(http://cucurbitgenomics.org/)中鉴定甜瓜(Cucumis melo L.)、西瓜(Citrullus lanatus)、黄瓜(Cucumis sativus L.)苯丙氨酸解氨酶的同源基因,并进行其生物信息学预测分析。结果表明:在甜瓜、西瓜、黄瓜中分别比对出4条、6条、5条同源基因,分别命名为MELO-PAL 1~4、Cla-PAL 1~6、Csa-PAL 1~5。其各级结构及理化性质与拟南芥苯丙氨酸解氨酶基因均较为相似。并对它们进行了系统进化树的构建,结果表明各物种间苯丙氨酸解氨酶基因家族间同源性较高,并利用分子生物学的手段,克隆了甜瓜的第四条比对基因(MELO-PAL4),将其连入T载体中进行测序。测序结果显示,克隆的基因序列与比对序列间总体相似度为92.54%。本研究为进一步发掘葫芦科作物PAL基因功能提供了重要的帮助。