基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

编号 zgly0001534775

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

作者 李小金  钱坤  刘林清  王重龙  周杰 

作者单位 安徽农业大学动物科技学院  安徽省农业科学院畜牧兽医研究所 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2016年06期

年份 2016 

分类号 S828 

关键词 RNA-seq  皖南花猪  大约克猪  差异表达基因  背最长肌 

文摘内容 【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。