七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞cDNA文库构建及生物信息学分析

编号 zgly0000703248

文献类型 期刊论文

文献题名 七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞cDNA文库构建及生物信息学分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 张宁  刘欣  孙晶  刘岑洁  陈操  李竞  芦静  刘慧玲  李庆伟 

作者单位 辽宁师范大学科研处  辽宁师范大学海洋生物功能基因及蛋白质组学研究所 

母体文献 辽宁师范大学学报: 自然科学版 

年卷期 2010,33(2)

页码 237-243

年份 2010 

分类号 Q811.4 Q959.392 

关键词 日本七鳃鳗  类淋巴细胞  EST  分子标识  发育分化 

文摘内容 以复合免疫日本七鳃鳗(Lampetra japonica)外周血中分离的单个核白细胞为材料,构建库容量为4.5×106pfu.mL-1的cDNA文库,随机挑选单克隆菌落测序共得到10 500条有效ESTs(expressed sequence tags)序列.经PHRAP软件对序列拼接组装后得到3 382个转录本,其中有1 080个重叠群和2 302个单一序列,有59.08%的转本录在NCBI数据库中搜索到同源序列.运用Blast2GO软件进行Gene Ontology注释,分别有27.47%、25.20%和10.01%的转录本参与细胞生理、代谢和生物调节等生物学途径;分别有48.43%、22.10%和10.69%的转录本起到结合、催化和结构分子活性等分子功能.统计数据显示,与细胞自身基因转录、蛋白质合成及转运等生命过程密切相关的基因如真核转录延长因子、反转录酶、核糖体蛋白、腺苷酸转运体、细胞色素C氧化酶和热休克蛋白等在血液白细胞群中大量表达.另外,与固有免疫密切相关的白细胞衍生趋化因子、抵抗素、颗粒体蛋白等表达量相对较高,说明固有免疫系统在七鳃鳗感染初期的免疫防卫方面起着主要作用.