苹果全基因组CRF家族成员鉴定及在不定根发育过程中的表达分析

编号 zgly0001576131

文献类型 期刊论文

文献题名 苹果全基因组CRF家族成员鉴定及在不定根发育过程中的表达分析

作者 李珂  刘桢  雷超  左超然  董凤  孟媛  毛江萍  韩明玉  张东 

作者单位 西北农林科技大学园艺学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 S661.1 

关键词 苹果  CRF  不定根发育  生物信息学 

文摘内容 通过生物信息学分析,从‘金冠’苹果基因组鉴定得到了11个细胞分裂素响应因子(CRF)基因。根据基因在染色体上的位置,将其依次命名为MdCRF1~MdCRF11,并对其进行理化特性、基因结构、系统进化和启动子元件分析。MdCRF编码的蛋白在137~435 aa之间,等电点在4.26~9.68之间。基因结构分析发现,MdCRF1有2个外显子1个内含子,MdCRF11有3个外显子2个内含子,其余基因都只含有外显子,没有内含子;保守基序列分析发现,MdCRF蛋白的保守基序数量在5~9。通过系统进化分析将家族成员分为G1、G2和G3共3个亚组,每个亚组内成员数量相对均匀。组织特异性表达分析发现11个基因在不同杂交种苹果和不同器官中的表达量存在明显差异。以苹果砧木‘T337’为材料,q PCR验证了MdCRF家族基因大部分在根、茎、愈伤组织中高表达,同时也响应生根处理表达量发生显著下调。对11个MdCRF蛋白之间的网络调控关系进行了研究,分析预测了相关基因间的潜在联系。结合分析可知,其中MdCRF8、MdCRF10和MdCRF11可能参与调控苹果砧木不定根发育。