加工番茄Ve-1、I-2、Mi-1和Pto基因关联变异位点的挖掘

编号 zgly0001638730

文献类型 期刊论文

文献题名 加工番茄Ve-1、I-2、Mi-1和Pto基因关联变异位点的挖掘

作者 刘磊  邓学斌  冯晶晶  王静  孙晓荣  舒金帅  李君明 

作者单位 中国农业科学院蔬菜花卉研究所农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 S641.2 

关键词 番茄  抗病基因  全基因组关联分析  变异位点 

文摘内容 为了开发番茄抗黄萎病、枯萎病、根结线虫和细菌性斑点病基因的高通量分子标记,以189份加工番茄核心种质为试材进行低倍重测序(0.5×),群体结构和主成分分析结果均将材料分为2个大的亚群。利用混合线性模型(Mixed linear model,MLM)对抗病基因Ve-1、I-2、Mi-1和Pto的分子标记检测结果进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS),获得了与抗病基因紧密连锁的变异位点,并获得了Ve-1、I-2、Mi-1和Pto基因内部的单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphisms,SNPs),提高了基因检测的准确性。其中与Ve-1关联度最高的位点位于基因内部,与I-2、Mi-1与Pto关联度最高的位点位于基因侧翼,可能与不同材料内等位基因变异及变异频率有关。利用该群体还可以进行加工番茄其他性状的挖掘;通过明确等位基因的变异与材料抗病基因的关系获得的关联位点可以用于通量SNP标记的开发,进行分子辅助番茄育种,提高番茄育种效率。