黄脊竹蝗荧光定量PCR内参基因的鉴定与筛选

编号 zgly0001738416

文献类型 期刊论文

文献题名 黄脊竹蝗荧光定量PCR内参基因的鉴定与筛选

作者 方林鑫  李志红  张守科  张威  舒金平  王浩杰 

作者单位 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 

母体文献 林业科学 

年卷期 2022,58(1)

页码 70-77

年份 2022 

分类号 S718.7 

关键词 黄脊竹蝗  内参基因  基因筛选  荧光定量PCR 

文摘内容 【目的】基于黄脊竹蝗若虫不同龄、成虫不同性别及不同组织筛选稳定表达的内参基因,为黄脊竹蝗后续转录调控研究提供参考。【方法】依据黄脊竹蝗转录组测序结果,以TUB、RPS27A、RPL10、AK、GAPDH、EF1A、RPS3、Actin和18S rRNA常用的9种昆虫内参基因作为候选,本地Blast后获得碱基序列并设计引物。利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析这9种内参基因的稳定性,筛选出在若虫不同龄、成虫不同性别与不同组织(触角、头、唇须、肌肉组织、精/卵巢)中表达量最为稳定的内参基因。【结果】9种候选内参基因在黄脊竹蝗体内均为首次验证并报道,且与其他昆虫相应基因同源性高(高于70%),差异值小;9种候选内参基因的引物均具有良好的扩增效率(均在90%~120%);在所有样品中,18S rRNA表达水平最高(Ct=10.78±2.58,P《0.05),Actin表达水平差异值最大(Ct=23.55±3.84,P《0.05)。黄脊竹蝗不同龄若虫的内参基因稳定性分析时,3个软件排在前2位的内参基因均为RPS3与RPL10;基于不同组织分析时,GeNorm与BestKeeper软件表明RPL10是最合适内参基因,而NormFinder软件则表明GAPDH为最合适内参基因;在黄脊竹蝗成虫不同性别分析时,3种软件评估结果均表明GAPDH和RPL10为合适内参基因。【结论】筛选出RPL10为在不同条件下于黄脊竹蝗体内表达稳定并具有差异性的基因,可作为黄脊竹蝗转录组学及功能基因组学研究的内参基因。