基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

编号 zgly0001643808

文献类型 期刊论文

文献题名 基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

作者 肖桂林  徐竹清  曹红菊  李竟才  夏军辉  宋波涛 

作者单位 华中农业大学园艺林学学院园艺植物生物学教育部重点实验室农业与农村部马铃薯生物学与生物技术重点实验室  黄冈师范学院大别山特色资源开发湖北省协同创新中心 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年08期

年份 2018 

分类号 S532 

关键词 马铃薯  SSR  标记开发  遗传图谱  QTL 

文摘内容 本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点。通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位。结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上。其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6%、45.0%和26.0%。根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体(chr05)上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体(chr06)上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM。研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记。