松萝凤梨转录组基因内部单核苷酸多态性信息分析

编号 zgly0001566420

文献类型 期刊论文

文献题名 松萝凤梨转录组基因内部单核苷酸多态性信息分析

作者 金亮  李小白  田丹青  史小华  葛亚英  王炜勇 

作者单位 浙江省农业科学院花卉研究开发中心国家花卉工程技术研究中心凤梨研发与推广中心  浙江省农业科学院园艺研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年07期

年份 2017 

分类号 S682.3 

关键词 松萝凤梨  空气凤梨  基因内部单核苷酸多态  功能注释 

文摘内容 松萝凤梨(Tillandsia usneoides)是一种无根、可在无泥土的空气中生长的特殊植物,属于空气凤梨的一种。该植物直接通过其叶片从空气中吸收水分和养分,主要应用于环境指示、室内观赏、装饰等方面。由于其基因组信息的缺乏,其分子标记的开发和利用受到了一定的限制。利用新一代测序技术对松萝凤梨转录组进行深度测序,获得转录组数据。在转录组数据中,一共检测到了69 570个基因内部SNP(genic SNP),平每579 bp就有一个SNP。在Genic SNP中,转换占61.84%,颠换占38.12%。转换中A/G以及C/T之间的转换是最主要的形式,分别占了所有Genic SNP的31.54%和30.30%。对含有genic SNP位点序列(genic SNP-unigene,GSU)注释发现:12 926条GSU具有GO注释;7 572条GSU具有KOG注释;3 403条GSU具有KEGG注释。这些GSU涉及到了许多重要的生物功能和代谢途径。这些信息为松萝凤梨SNP标记的开发以及相关基因组研究奠定了基础。