中华猕猴桃fasciclin基因家族生物信息学分析及克隆

编号 zgly0001713947

文献类型 期刊论文

文献题名 中华猕猴桃fasciclin基因家族生物信息学分析及克隆

作者 周婉莹  曲东  张晓娟  张文慧  刘艳飞  张羽 

作者单位 陕西理工大学生物科学与工程学院  安康市农业科学研究院  西北农林科技大学园艺学院 

母体文献 果树学报 

年卷期 2020年08期

年份 2020 

分类号 S663.4 

关键词 猕猴桃  Fasciclin  生物信息  性别  克隆 

文摘内容 【目的】探讨fasciclin基因在中华猕猴桃中的生物信息。【方法】对中华猕猴桃雌株38个fasciclin基因进行生物信息学分析和克隆其中一个与性别相关的fasciclin基因。【结果】38个fasciclin基因编码133～606个氨基酸。丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点范围分别为10～56个、2～26个、0～8个。38个fasciclin基因拥有1～9个motif结构(取值10),其中Motif3为共同具有。68.42%fasciclin蛋白为不稳定疏水性蛋白。2 000 bp启动子区共预测到TFs 110个,较多的TFs依次为BBR-BPC、TALE和AP2,9个基因没有预测到TFs结合位点。UPGMA聚类法把38个fasciclin蛋白分成2类。基因克隆序列(723 bp)具有fasciclin保守结构域,该序列只比对到8号染色体上。【结论】fasciclin基因保守性不强;克隆序列与中华猕猴桃雌雄性状显著关联,但与美味猕猴桃雌雄无关联;雌株中的同源区没有注释到基因。