日本通草蛉cDNA文库构建及部分ESTs分析

编号 zgly0000564128

文献类型 期刊论文

文献题名 日本通草蛉cDNA文库构建及部分ESTs分析

学科分类 220.3020;森林昆虫学

作者 聂瑞娥  杨星科  刘志琦 

作者单位 中国农业大学昆虫系  中国科学院动物研究所 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2008,51(8)

页码 792-797

年份 2008 

分类号 Q966 

关键词 日本通草蛉  cDNA文库  表达序列标签(EST)  序列分析  系统树 

文摘内容 本研究以日本通草蛉Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据。对该文库质量分析表明：库容量为1.0×10^6,重组率为80.0%,平均插入片段为512bp。测序后最终成功得到323条表达序列标签(expressed sequencetags,ESTs)序列,经Phrap程序聚类拼接后得到236条单基因簇(unigene),包括86个重叠群(congtigs)和150个单拷贝(singlets)。使用NCBI中的BlastN和BlastX程序对236条ESTs进行本地化搜索,BlastN的结果表明：180条ESTs(76.3%)没有注解,56条ESTs(23.7%)与GenBank上公布的序列有较高的同源性,其中一条序列被确定为该种的16SrRNA基因,利用MEGA软件构建了基于该16SrRNA序列草蛉科的系统发育树,结果显示通草蛉属Chrysoperla与叉草蛉属Dichochrysa、玛草蛉属Mallada、草蛉属Chrysopa的亲缘关系比较近,这与传统分类相吻合。BlastX的比对结果为197条ESTs(83.5%)有功能注解,39条ESTs(16.5%)无注解或score值小于100。使用GO(geneontology)数据库对236条ESTs序列进行功能注释,结果表明：142条ESTs(59.7%)有注解,并表达出40多种基因产物。