喜盐鸢尾Na~+/H~+逆转运蛋白基因IhNHX1的克隆及序列分析

编号 zgly0001579384

文献类型 期刊论文

文献题名 喜盐鸢尾Na~+/H~+逆转运蛋白基因IhNHX1的克隆及序列分析

作者 赵沿海  原海燕  顾春笋  黄苏珍 

作者单位 江苏省·中国科学院植物研究所(南京中山植物园)江苏省植物迁地保护重点实验室 

母体文献 植物资源与环境学报 

年卷期 2014年02期

年份 2014 

分类号 Q943.2 

关键词 喜盐鸢尾  Na+/H+逆转运蛋白基因IhNHX1  基因克隆  序列分析  系统树  跨膜结构域 

文摘内容 采用同源克隆和RACE法克隆获得喜盐鸢尾(Iris halophila Pall.)Na+/H+逆转运蛋白基因IhNHX1的全长序列,该基因序列的全长为1 946 bp,包含1个长度为1 611 bp的开放阅读框(ORF),编码537个氨基酸。序列对比及系统树分析结果表明:IhNHX1基因编码的氨基酸序列与另外11种植物NHX1基因编码的氨基酸序列的一致性高达96.2%,相同序列占61.7%,表明该氨基酸序列保守性较高;在系统树上喜盐鸢尾与其他植物的分支长均大于1.2,表明它们的亲缘关系均较远;IhNHX1基因编码的氨基酸序列含有2个保守结构域,即氨氯吡嗪结合位点和CaM结合结构域,分别是NHX1蛋白的标志性结合位点和重要调节区域。该蛋白质的二级结构和跨膜结构域分析结果表明:在IhNHX1基因编码的蛋白质的二级结构中,α螺旋占48.60%、不规则卷曲占32.03%、延伸链占14.71%、氢键转角占4.66%;该蛋白质含有10个跨膜结构域。此外,对5’RACE方法中5’端正向引物的优化设计步骤进行了归纳,以提高PCR扩增的特异性。