基于全基因组重测序的野生型大麻和栽培型大麻的多态性SNP分析

编号 zgly0001577099

文献类型 期刊论文

文献题名 基于全基因组重测序的野生型大麻和栽培型大麻的多态性SNP分析

作者 陈璇  郭蓉  王璐  柳延虎  郭孟璧  许艳萍  郭鸿彦  杨明  张庆滢 

作者单位 云南省农业科学院经济作物研究所  云南大学云南生物资源保护与利用国家重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年03期

年份 2018 

分类号 S563.3 

关键词 全基因组重测序  大麻  野生型  栽培型  单核苷酸多态性 

文摘内容 为揭示中国野生型大麻和栽培型大麻基因组之间的差异,本研究通过全基因组重测序技术对一种野生型大麻(ym606)和一种栽培型大麻(ym224-B)进行全基因组重测序,测序深度10×,通过与参考基因组(Cansat3_genome)进行比对,共检测到2 264 150个单核苷酸多态性位点(SNPs)。ym606和ym224-B的杂合度分别为0.12%和0.11%,两个个体之间的二等位多态性SNP可分为aa×bb、lm×ll、nn×np和hk×hk等4类,其中aa×bb型标记有988 575个,占多态性SNP总数量的46.32%,lm×ll、nn×np和hk×hk分别占比25.17%、22.59%和5.71%。研究结果能在一定程度上反映中国野生大麻和栽培大麻在基因组水平的差异,可为下一步构建野生型和栽培型大麻遗传分离群体及开发重要性状分子标记提供理论基础和参考。