水产品中河流弧菌分离株OmpU基因的克隆测序与生物信息学分析

编号 zgly0000827713

文献类型 期刊论文

文献题名 水产品中河流弧菌分离株OmpU基因的克隆测序与生物信息学分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 戚莉芳  刘雪芹  张婷婷  李槿年 

作者单位 安徽农业大学动物科技学院 

母体文献 中国微生态学杂志 

年卷期 2013(6)

页码 630-635

年份 2013 

分类号 S852.61 

关键词 河流弧菌  分离鉴定  OmpU基因  克隆测序  生物信息学分析 

文摘内容 目的对河流弧菌(Vibrio fluvialis)水产品分离株OmpU基因进行克隆测序和生物信息学分析,为建立该菌的检测方法和研制疫苗奠定基础。方法从市售水产品中分离细菌,采用表型和分子鉴定方法确定其种属,并测定其致病性和药物敏感性。根据弧菌属OmpU基因的序列特点,设计引物扩增河流弧菌OmpU基因,将其克隆到T载体上,筛选重组质粒并对其进行序列测定及生物信息学分析。结果从水产品中分离的2个菌株(Vf1和Vf2)经鉴定确认为河流弧菌,它们均具有致病性,对15种测试抗菌药物敏感。2株河流弧菌OmpU基因全长分别为1 044和1 005 bp,含有1个开放性阅读框,分别编码由348和335个氨基酸组成的OmpU蛋白,该蛋白N端前22个氨基酸为信号肽。序列比对结果显示2株河流弧菌OmpU基因的核苷酸及其推导的氨基酸序列相似性分别为82.6%和81.2%。OmpU蛋白序列在6种弧菌种内和种间的相似性分别为81.4%～99.2%和71.2%～78.1%。表位预测结果显示河流弧菌OmpU蛋白的B细胞线性表位主要集中在第24～28、45～53、113～116、153～156、215～221和242～254位氨基酸区域,6种弧菌具有1个共同的抗原表位基序KDG-A-D-S。结论 OmpU蛋白是弧菌属中较为保守的一类功能蛋白,共同的抗原表位基序有望成为检测多种弧菌的靶标和研制多表位疫苗的靶位。