火炬松DREB1基因的电子克隆与生物信息学分析

编号 zgly0000652170

文献类型 期刊论文

文献题名 火炬松DREB1基因的电子克隆与生物信息学分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 林元震  郭海  黄少伟  刘纯鑫  刘天颐  陈晓阳 

作者单位 华南农业大学林学院  华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室 

母体文献 生物信息学 

年卷期 2010(1)

页码 43-46

年份 2010 

分类号 TQ517 

关键词 火炬松  DREB1基因  电子克隆  生物信息学  蛋白结构预测 

文摘内容 利用来自ForestTreeDB数据库中热胁迫cDNA文库ESTs聚类、拼接组装的Unigene以及基因GO注释, 得到了假定的火炬松DREB1基因, 全长1293bp, 具有完整的蛋白编码框的cDNA序列。采用DNAMAN软件分析碱基组成、限制酶切位点和重复序列等, 结果发现, 该序列与其他物种中克隆得到的DREBI具有较高的同源性, 初步断定所电子克隆得到的cDNA序列为火炬松DREB1基因(PteaDREB1)。在此基础上, 利用网上的公共数据库和相关软件(Antheprot等)对PteaDREBl编码的理化性质和一级结构进行分析, 并模拟了其二级结构和三级结构。结果表明, 该蛋白为疏水性非球形可溶蛋白, 含有295个氨基酸, 分子量为32.4kD, 等电点为8.22; 其二级结构以螺旋和卷曲为主, 三级结构具有DREB蛋白家族中典型的结合DNA的AP2结构域。这进一步说明所克隆到的cDNA片断为火炬松DREBl基因。上述研究结果可为PteaDREB1基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用奠定基础, 具有一定的现实意义和应用前景。