基于RNA-Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析

编号 zgly0001496157

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析

作者 李穆  程志远  石莹  何平  王先宏  何丽莲  李富生 

作者单位 云南农业大学甘蔗研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015年02期

年份 2015 

分类号 S566.1 

关键词 甘蔗  RNA-Seq  参考转录组  Unigene  SSR 

文摘内容 本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组,并进行生物信息学相关分析。研究结果表明:对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序,可组装出98 945条Contig,从中找到5 806个SSR位点,其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少,CCG/CGG出现的频率最高。进一步处理Contig获得75 656条Unigene,将所有的Unigene与Nr数据库、Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和COG数据库进行Blast,有53 951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG注释结果基础上,对Unigene进行GO和KEGG功能分类,分别获得44个功能小组和123个Pathway注释。研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。