基于RNA-Seq技术的盐胁迫向日葵转录组信息分析

编号 zgly0001496122

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq技术的盐胁迫向日葵转录组信息分析

作者 孙瑞芬  张艳芳  郭树春  于海峰  李素萍  聂惠  乔慧蕾  安玉麟 

作者单位 内蒙古农牧业科学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015年12期

年份 2015 

分类号 S565.5 

关键词 向日葵  盐胁迫  RNA-Seq  转录组分析  Unigene 

文摘内容 本研究采用RNA-Seq技术,进行了120 mmol/L Na Cl胁迫下向日葵耐盐品种P50和盐敏感品种P29转录组测序和De novo组装。P50和P29分别获得106 275和119 350条unigenes,平均长度分别为716 bp和685 bp。2个样品的长序列聚类后,获得了110 751条All-unigenes,总长度为96 970 017 nt,平均长度为876 nt。对获得的All-unigenes进行功能注释,注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库的All-unigenes分别是71 610、52 569、50 827、46 676、32 215和52 406个,所有注释上的All-unigenes是77 536个。基于NR和KEGG的注释结果,对All-unigenes进行GO和KEGG功能分类,分别获得55个功能小类和128个Pathways注释。研究结果为进一步进行P50和P29转录组差异表达基因分析及耐盐相关基因挖掘奠定了基础。