提取北方土壤真菌DNA的一种方法

编号 zgly0000505973

文献类型 期刊论文

文献题名 提取北方土壤真菌DNA的一种方法

作者 吴敏娜  张惠文  李新宇  苏振成  张成刚 

作者单位 中国科学院沈阳应用生态研究所  中国科学院研究生院 

母体文献 生态学杂志 

年卷期 2007,26(4)

页码 611-616

年份 2007 

分类号 Q938.1 

关键词 真菌  中国北方  28S  rDNA  DNA提取  多样性  PCR—DGGE 

文摘内容 由于土壤理化性质的复杂性和真菌细胞壁结构的特殊性, 从土壤样品中提取真菌基因组DNA比较困难。中国北方土壤与其它地区土壤相比有其自身的特点, 因此, 有必要优化一种适合于北方土壤真菌DNA提取的方法。本实验向灭菌黑土中分别投加12种在系统分类上差别较大的真菌, 以传统土壤总DNA提取方法及纯菌DNA提取方法为基础, 分别与蜗牛酶, 纤维素酶进行组合、优化, 得到7种不同的土壤真菌基因组DNA提取方法。利用真菌28SrDNA通用引物U1/U2-GCPCR-DGGE分析方法分别考察了7种不同方法所提取土壤真菌基因组DNA的多样性和代表性。结果表明: 1)液氮研磨, 纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1mg·ml^-1)37℃作用60min, 2%SDS于65℃裂解30min; 2)-65℃～65℃冻融3次, 纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1mg·ml^-1)37℃作用180min, 2%SDS于65℃裂解30min的组合具有较好的提取效果。利用后一种方法分别对3种理化性质差异较大的中国北方自然土壤样品真菌DNA进行提取并分析, 表明所提取土壤基因组DNA真菌特异性PCR-DGGE图谱条带丰富, 该方法可用于多种北方土壤真菌多样性研究。