狗牙根转录组微卫星序列统计及其比较分析

编号 zgly0001648467

文献类型 期刊论文

文献题名 狗牙根转录组微卫星序列统计及其比较分析

作者 蒋雪梅  张元媛  余顺慧  戚文华 

作者单位 重庆三峡学院环境与化学工程学院  重庆三峡学院生物与食品工程学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年18期

年份 2018 

分类号 S688.4 

关键词 狗牙根  转录组  微卫星序列  分布 

文摘内容 微卫星(simple sequence repeats, SSRs)广泛分布于生物基因组的编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本研究利用生物信息学方法搜索和统计了狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中SSRs总数量分别为21800个和27431个,占其转录组长度的比例分别为0.118%和0.152%。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组SSRs平均丰度(185.25 vs191.22个/Mb)和密度(3 437.47 vs 3 523.07 bp/Mb)基本一致。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组SSRs丰富度具有明显的分布模式。在狗牙根匍匐茎和根状茎转录组SSRs序列中,单碱基SSRs重复拷贝数变异最大,其次是二碱基SSRs重复拷贝数,从三碱基SSRs开始,重复拷贝数明显下降。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中单碱基至六碱基各重复类型优势SSRs序列基本一致。