非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

编号 zgly0001311855

文献类型 期刊论文

文献题名 非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

作者 王继华  瞿素萍  唐开学  李成云  陈海如 

作者单位 云南省农业科学院农业部花卉产品质检中心  云南农业大学云南省植物病理重点实验室  云南农业大学云南省植物病理重点实验室 云南昆明650205  云南昆明650201  云南昆明650205 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2006年05期

年份 2006 

分类号 S682.11 

关键词 非洲菊  表达序列标签  微卫星序列  频率  分布 

文摘内容 采用Tandem Repeats Finder4·0软件对来源于Plant genome Network的非洲菊EST序列的微卫星(SSR)进行系统分析。在17339条,总长8·5Mb的ESTs序列中,共有6294个以1~6个核苷酸为基序的SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。其核苷酸总数占整个基因组核苷酸数的1·64%,平均1·4kPR-1b就分布有一个大于15bp的SSR。其中六核苷酸重复序列频率最高,为1个/4·3kPR-1b,其次为单核苷酸(1个/6·0kPR-1b)、三核苷酸(1个/9·8kPR-1b)、五核苷酸(1个/10·7kPR-1b)、二核苷酸(1/11·4kPR