毛果杨HMA基因家族的生物信息学分析

编号 zgly0001479592

文献类型 期刊论文

文献题名 毛果杨HMA基因家族的生物信息学分析

作者 王晓桐  李昊阳  徐吉臣 

作者单位 北京林业大学林木育种国家工程实验室 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2014年07期

年份 2014 

分类号 S792.11 

关键词 杨树  重金属转运ATP酶  植物修复  基因家族  生物信息学 

文摘内容 重金属转运ATP酶(heavy metal transporting ATPase,HMA)是一种通过水解ATP跨膜运送重金属阳离子的转运蛋白,属于P-ATPase家族中一个亚类。不同HMA蛋白对重金属离子的转运具有选择性,在植物修复重金属污染土壤方面起着重要作用。依据毛果杨全基因组测序的结果,以及HMA基因蛋白的序列和功能特征,从毛果杨基因组中鉴定了13个HMA基因家族成员,分属于Zn亚类(Zn2+/Co2+/Cd2+/Pb2+P1B-ATPase)和Cu亚类(Cu+/Ag+P1B-ATPase)两个亚家族,主要分布于1、3号染色体上。生物信息学分析表明,毛果杨HMA基因的氨基酸序列一致性介于21.3%~89.3%,且具有保守的基序CPC、HP、DKTGT、TGEx、GDG、PxD和CxxC等。蛋白理化特征分析显示,多数毛果杨HMA蛋白稍偏酸性,结构稳定性较好,蛋白脂溶指数高,稍具疏水性。密码子偏好性分析显示,毛果杨HMA蛋白14个氨基酸中存在16个高频密码子,另有1个终止密码子为高频密码子,显示出毛果杨的种属特征。研究结果展示了毛果杨HMA基因家族的基本信息和特点,为深入研究毛果杨HMA基因的功能搭建了基础平台。