‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子生物信息学分析

编号 zgly0001552695

文献类型 期刊论文

文献题名 ‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子生物信息学分析

作者 邓浪  沈兵琪  王连春  周军  刘惠民  周凡  李德龙 

作者单位 西南林业大学云南省高校林木遗传育种改良与繁育重点实验室  西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室 

母体文献 果树学报 

年卷期 2017年07期

年份 2017 

分类号 S663.4 

关键词 猕猴桃  AP2/EREBP  转录因子  生物信息学分析 

文摘内容 【目的】分析‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子家族。【方法】利用Kiwifruit Genome Database、EMBI、TAIR、SMART、Pfam、MEME、Protparam、SOPM、SWISS-MODEL、Signal P4.1 Sever网站,和Clustal X2、Bio Edit、MEGA6.0、Map Inspect、MEV软件,分析‘红阳’猕猴桃AP2/EREBP转录因子类型、结构域、系谱进化、蛋白理化性质及高级结构、信号肽分析、基因定位、序列元件和基因表达模式。【结果】‘红阳’猕猴桃全基因组中有204条AP2/EREBP转录因子,根据其结构域划分为4个亚家族。进行多序列比对和系谱进化分析,发现2个亚家族各分为6个亚组。生物信息学分析表明,204条蛋白氨基酸序列高级结构与拟南芥AP2/EREBP转录因子相似性较高。其中存在2条分泌型蛋白。基因定位表明,该家族基因在10号染色体无定位;有染色存在串联复制现象。同源拟南芥基因表达模式分析表明,AP2/EREBP转录因子对外界胁迫有显著性表达。【结论】利用生物信息学方法获得204条猕猴桃AP2/EREBP家族转录因子,并与拟南芥AP2/EREBP转录因子进行系谱进化、结构域、基因定位和同源表达等分析,结果表明猕猴桃AP2/EREBP转录因子在进化过程中比较保守,并参与了植物发育和胁迫应答调控。