基于转录组测序的鬼针草SSR标记开发及其应用

编号 zgly0001644931

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组测序的鬼针草SSR标记开发及其应用

作者 逄洪波  解元坤  张璐  李玥莹  马纯艳  何文秀  高秋 

作者单位 沈阳师范大学生命科学学院  农业部全国草业产品质量监督检验测试中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年16期

年份 2018 

分类号 S567.219 

关键词 鬼针草  SSR  转录组  标记开发 

文摘内容 鬼针草(Bidens bipinnata L.)作为一种重要的药用植物,在属内鉴别和临床用药安全上存在较大问题。本研究利用Trinity软件对鬼针草转录组数据进行组装,共得到总长为106 457 436 bp的120 122条unigenes。利用MISA软件寻找到17 140个含有SSR的重复基元。SSR位点中主要重复序列为单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.73%和38.06%,其次是二核苷酸,占20.73%。利用Primer 3.0设计引物,从中随机选择50对引物进行PCR扩增。其中有28对扩增出清晰条带,多态性好,重复性好。鬼针草转录组的SSR分子标记将会对鬼针草属植物种质资源鉴定、遗传多样性、重要性状基因定位及分子标记辅助选择育种等起重要推动作用。