基于SLAF-seq技术的木薯SNP标记开发

编号 zgly0001640033

文献类型 期刊论文

文献题名 基于SLAF-seq技术的木薯SNP标记开发

作者 俞奔驰  韦丽君  雷开文  宋恩亮  马崇熙 

作者单位 广西壮族自治区亚热带作物研究所 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 S533 

关键词 木薯  分子标记  SLAF-seq  SNP 

文摘内容 开发大量木薯（Manihot esculenta）特异分子标记可促进木薯种质资源中优良基因的挖掘和利用。本研究以39份木薯种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序（specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq）技术进行测序,结果显示:本次实验双端比对效率为90.83%,酶切效率为91.18%;通过测序获得304.30 Mb的读长数据,各样本读长范围在2 123 09415 102 046之间,对照数据量最小,仅395 790个读长;样品测序质量值(Q30)在95.62%96.60%之间,均在95%以上;GC含量在41.27%44.96%之间,平均GC含量为42.89%,对照的GC含量为42.93%。本研究共开发出725 220个SLAF标签,样本的平均测序深度为20.98倍（×）,多态性SLAF标签446 789个,共得到2 504 553个群体SNP标记。可见,SLAF-seq技术适用于木薯SNP位点的开发,其效率较高。