基于SLAF-seq技术的金花茶SNP标记开发及遗传分析

编号 zgly0001678912

文献类型 期刊论文

文献题名 基于SLAF-seq技术的金花茶SNP标记开发及遗传分析

作者 刘凯  李开祥  韦晓娟  梁文汇  王坤 

作者单位 广西壮族自治区林业科学研究院广西油茶良种与栽培工程技术研究中心  广西壮族自治区林业科学研究院广西特色经济林培育与利用重点实验室 

母体文献 经济林研究 

年卷期 2019年03期

年份 2019 

分类号 S685.14 

关键词 金花茶  SLAF-seq  SNP  遗传分析 

文摘内容 为了解金花茶种质的遗传关系,利用SLAF-seq测序技术对在不同地区收集的25份金花茶种质与山茶科其他5份种质进行测序。以猕猴桃基因组为参照,对金花茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库,利用SLAFseq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开发及其进化关系分析,在多态性SLAF标签上开发特异性SNP位点,最后根据SNP位点构建25份金花茶种质与山茶科其他5份种质的进化树。最终共开发1 471 113个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有69 597个;共得到443 819个群体SNP位点,其中高一致性的群体SNP位点119 452个。遗传分析结果表明,金花茶种群的遗传多样性水平较高,可分成2个大的类群,其中第2类群包含了全部收集的金花茶种质,其又可分为3个亚族,这3个亚族的分化有明显的地域特征。第1亚族主要是来源于越南的金花茶品系,第2亚族由2个越南的金花茶品系和5个中国的金花茶品系组成,第3亚族全部由来源于中国的金花茶品系组成。研究结果从基因组水平揭示不同地区金花茶种质之间的遗传关系,所开发的SNP位点可进一步用于金花茶种群的进化分析、重要性状的关联分析等。