基于SLAF-seq技术的舒玛栎群体遗传多样性与遗传结构分析

编号 zgly0001741097

文献类型 期刊论文

文献题名 基于SLAF-seq技术的舒玛栎群体遗传多样性与遗传结构分析

作者 何旭东  郑纪伟  教忠意  窦全琴  黄利斌 

作者单位 江苏省林业科学研究院 

母体文献 南京林业大学学报:自然科学版 

年卷期 2022,46(2)

页码 81-87

年份 2022 

分类号 Q786  S718 

关键词 舒玛栎  遗传多样性  遗传结构  SLAF-seq  SNP 

文摘内容 【目的】对美国引进的不同种源舒玛栎群体进行遗传多样性与遗传结构分析,揭示其遗传分化特点及单株间遗传关系,为舒玛栎种质资源的保护与品种选育提供理论依据。【方法】以舒玛栎6个种源30个单株以及外类群纳塔栎5个单株为材料,基于SLAF-seq技术进行简化基因组测序,开发一批SNP标记并选择其中多态性的SNP标记进行基因分型。利用GenAlex?Arlequin?MEGA?Admixture和Cluster等软件进行遗传多样性参数估算?F统计量及分子分差分析?进化树构建?遗传结构与PCA主成分分析。【结果】35个栎树个体SLAF测序平均深度11×,碱基质量(Q_(30))平均为93%,GC含量平均为38.9%。共获得4256436个SLAF标签,开发多态性SNP标记8459025个,SNP完整度平均为79.29%,杂合率平均为14.15%。舒玛栎6个种源平均有效等位基因数为1.31个,多态性位点比例平均为49.21%;观测杂合度(H_(o))与期望杂合度(H_(e))变化范围分别为0.13~0.16和0.17~0.21;多态信息含量(PIC)?香农指数(I)?Nei's基因多样性指数(H)和群体内的近交系数(F_(IS))平均值分别为0.15?0.34?0.09和0.19。不同种源间Nei's遗传距离和遗传分化系数(FST)变化范围为0.08~0.18和0.15~0.39。分子方差分析表明舒玛栎遗传变异主要来自个体间。遗传结构分析显示30个舒玛栎个体来源于3个原始的祖先。【结论】舒玛栎群体遗传多样性水平较高,群体间遗传分化程度较大,在品种选育中应注重群体内个体优树的选择。