基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析

编号 zgly0000640533

文献类型 期刊论文

文献题名 基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 蔡斌  周军  李成慧  彭日荷  熊爱生  高峰  姚泉洪  章镇 

作者单位 南京农业大学园艺学院  苏州农业职业技术学院  上海市农业科学院生物技术研究所 

母体文献 中南林业科技大学学报：自然科学版 

年卷期 2009(4)

页码 126-131

年份 2009 

分类号 S792.11  Q786 

关键词 分子生物学  NAC  基因家族  杨树  结构域  系谱发生 

文摘内容 利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵（PSSM）.用PSSM搜索整个杨树PopulusL.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息,然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明：杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.