马铃薯StRFP2基因克隆及其生物信息学分析

编号 zgly0001634598

文献类型 期刊论文

文献题名 马铃薯StRFP2基因克隆及其生物信息学分析

作者 唐勋  司怀军  张宁 

作者单位 甘肃省干旱生境作物学省部共建国家重点实验室甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室  甘肃农业大学农学院  甘肃农业大学生命科学技术学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年09期

年份 2018 

分类号 S532 

关键词 马铃薯  StRFP2  基因克隆  生物信息学分析 

文摘内容 RING型泛素连接酶（RING finger protein,RFP）在植物响应非生物胁迫中有着重要作用。本研究在马铃薯干旱胁迫相关转录组测序的基础上,利用RT-PCR技术从马铃薯栽培品种大西洋和青薯9号中克隆得到StRFP2基因,并对该基因进行生物信息学分析。结果表明,该基因CDS为1 113 bp,且为连续基因,编码一个370个氨基酸的蛋白质。StRFP2蛋白不含信号肽序列,主要分布在线粒体;StRFP2蛋白含有典型的RING-H2保守结构域,并且大西洋和青薯9号的RING-H2保守结构域均未发生突变。栽培品种大西洋和青薯9号StRFP2 CDS序列高度同源,同源性达到98.20%;氨基酸序列进化分析表明StRFP2与野生番茄和番茄的亲缘关系最近。空间三维结构分析发现大西洋和青薯9号StRFP2均具有两个Zn2+,但其折叠方式存在一定差异。