基于高通量测序的芍药属杂交种胚转录组分析

编号 zgly0001693897

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的芍药属杂交种胚转录组分析

作者 贺丹  苏晓迪  何松林  张佼蕊  谢栋博  王政  刘艺平  张曼 

作者单位 河南农业大学林学院  河南科技学院园艺园林学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2020年02期

年份 2020 

分类号 S682.12  S685.11 

关键词 芍药(Paeonialactiflora)  种胚  高通量测序  转录组 

文摘内容 为了研究牡丹、芍药远缘杂交胚败育的分子机理,本研究使用BGISEQ-500平台对牡丹、芍药杂交种胚转录组进行测序,通过测序,共得到了92.02 Gb数据。通过拼接组装去冗余后得到了86 195个Unigene,平均长度为1 189 bp。86 195个Unigene在七大功能数据库中进行注释,最终分别有49 172 (NR:57.05%)、38 352(NT:44.49%)、36 477 (Swiss Prot:42.32%)、38 905 (KOG:45.14%)、37 993 (KEGG:44.08%)、26 832 (GO:31.13%)以及37 758 (Pfam:43.81%)个Unigene获得功能注释。同时还检测出21 998个SSR分布于17 567个Unigene中,其中二核苷酸和三核苷酸这两种重复类型分别有5 628个和2 906个。在17 567个Unigene中预测出1 671个编码转录因子。不同发育时期的胚转录组数据中共筛选出13 974个差异表达基因,其中上调基因有8 647个,下调基因有5 327个。该转录组测序分析为寻找牡丹、芍药远缘杂交胚败育相关基因提供了一定的理论参考。