甘蔗类甜蛋白基因ScTLP2和ScTLP3的生物信息学分析及表达

编号 zgly0001693888

文献类型 期刊论文

文献题名 甘蔗类甜蛋白基因ScTLP2和ScTLP3的生物信息学分析及表达

作者 李聪娜  刘峰  张旭  任永娟  汤翰臣  阙友雄  苏亚春 

作者单位 福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室  福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 S566.1 

关键词 甘蔗(Saccharumspp.)  类甜蛋白  生物信息学分析  qRT-PCR  黑穗病菌 

文摘内容 类甜蛋白(thaumatin-like proteins, TLPs)是一类与作物抵抗真菌病害紧密相关的病程相关蛋白。本研究从课题组前期构建的甘蔗(Saccharum spp.)转录组数据库中筛选获得两个甘蔗类甜蛋白基因(ScTLP2和ScTLP3),利用生物学软件对ScTLP2和ScTLP3基因进行序列特征、结构功能及聚类分析,采用qRT-PCR技术,检测ScTLP2和ScTLP3基因在不同甘蔗组织和黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)胁迫下的表达情况。生物信息学分析显示,ScTLP2基因全长1 835 bp,包含1个969 bp的完整开放读码框,编码322个氨基酸;ScTLP3基因全长1 259 bp,包含1个765 bp的完整开放读码框,编码254个氨基酸。ScTLP2和ScTLP3编码蛋白均含有THN家族的保守结构域和糖苷水解酶家族的64结构域(GH64-TLP-SF),两者分别隶属于TLPs家族中的Ⅵ类和Ⅰ类。q RT-PCR结果表明,ScTLP2和ScTLP3基因在甘蔗中均为组成型表达,其中ScTLP2基因在蔗叶中的表达量最高,是蔗皮的11.2倍,而ScTLP3基因在蔗芽中的表达量最高,是蔗皮的45.3倍。受黑穗病菌侵染后,ScTLP2基因在甘蔗抗黑穗病品种‘崖城05-179’中上调表达,而在感黑穗病品种‘ROC22’中无明显变化;相反的,Sc TLP3基因表达量在‘崖城05-179’中无明显变化,在‘ROC22’中上调表达。以上结果为深入研究甘蔗ScTLP家族基因的结构和功能积累了基础资料。