东方山羊豆盐诱导抑制差减杂交文库构建及其表达序列标签分析

编号 zgly0001390789

文献类型 期刊论文

文献题名 东方山羊豆盐诱导抑制差减杂交文库构建及其表达序列标签分析

作者 宋清晓  王学敏  高洪文  Dzyubenko Nikolay  Chapurin Vladimir  韩永增  杨冬梅  李玉坤 

作者单位 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所  俄罗斯瓦维洛夫全俄植物栽培研究所 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2010年06期

年份 2010 

分类号 S54 

关键词 东方山羊豆  盐诱导  抑制消减杂交  ESTs  RT-PCR 

文摘内容 为筛选东方山羊豆盐诱导差异性基因,以250 mmol/L NaCl处理的东方山羊豆cDNA为实验组,未经诱导刺激的为驱动组,利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建消减文库并对其部分阳性克隆进行了ESTs序列分析。该消减文库克隆的重组率为92%,插入片段大部分集中在0.2～1kb之间。随机挑取500个克隆进行测序及同源性分析,获得258个cleanESTs,经聚类、拼接,去除冗余序列,共获得132个Unigene,其中含有32个contigs和100个singlets,该文库的冗余度为24%。对其进行功能预测及分类,得到大量参与信号转导、转录调控、渗透和代谢调节、机体防御以及光作用等过程的相关基因。随机选择非重复的4个差异表达的序列设计引物,以半定量PCR方法验证其消减效率,结果显示,诱导组的表达量显著高于非诱导组,表明该文库有较高质量,且所采用的技术手段有助于快速发现东方山羊豆新功能基因。