甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

编号 zgly0001693289

文献类型 期刊论文

文献题名 甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

作者 黄艳岚  张超凡  邹学校 

作者单位 湖南农业大学园艺园林学院  湖南省作物研究所  湖南农业大学 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2019年06期

年份 2019 

分类号 S435.311 

关键词 SmallRNA测序  杆状病毒  甘薯杆状病毒  全基因序列  序列分析 

文摘内容 利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B (FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp(MK052980)和7 981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。