用于羊草基因分型的SNP分子标记技术研究

编号 zgly0001624223

文献类型 期刊论文

文献题名 用于羊草基因分型的SNP分子标记技术研究

作者 侯莉娟  齐晓  齐冬梅  陈双燕  刘公社 

作者单位 中国科学院植物研究所北方资源植物重点实验室  中国农业科学院草原研究所  全国畜牧总站 

母体文献 草业学报 

年卷期 2016年02期

年份 2016 

分类号 S543.9 

关键词 羊草  转录组  SNP标记  HRM基因分型  指纹图谱 

文摘内容 以我国广泛分布的多年生优势禾本科牧草羊草为研究材料,针对羊草目前尚无SNP标记技术的报道,基于实验室已有的转录组数据,挖掘其中的SNP分子标记,建立一种利用高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)进行羊草SNP基因分型的方法。结果表明,从羊草转录组数据中获得41843个SNPs,转换的数量是颠换数量的2倍;建立了基于SNP的HRM基因分型方法,设计了112对SNP引物,其中有98对(87.5%)能扩增出明亮单一条带,扩增条带大小符合预期的有72对(64.29%),适宜进行HRM基因分型的引物有46对,占41.07%;用其中的7对引物可将羊草48份种质区分开,并绘制出指纹图谱。通过对部分HRM基因分型结果进行测序验证,表明测序分析的基因型结果与HRM基因分型结果一致,证明HRM基因分型结果是可靠的。本研究首次建立的基于SNP的HRM基因分型方法,可用于羊草种质资源的指纹图谱绘制、育种亲本的选配、基因关联分析、分子标记辅助育种、功能分子标记开发、新品种的保护等育种工作。